Původní Harmonie českých filharmoniků vznikla v České filharmonii v roce 1967 z iniciativy předních hráčů na dechové nástroje, pod patronací šéfdirigenta Karla Ančerla. Základem souboru bylo klasické okteto (dvojice hobojů, klarinetů, fagotů a lesních rohů), doplňované flétnami, popřípadě dalšími nástroji, převážně žesťovými. Název „Harmonie“ vystihuje právě takový typ souboru výhradně dechových nástrojů, který vznikl v období klasicismu jako samostatné těleso hrající dechový repertoár. Přeneseně se termín „dechová harmonie“ používá i k označení nástrojové sekce symfonického orchestru.
Během své činnosti, kterou ukončila v roce 1995, Harmonie českých filharmoniků vydala u Supraphonu celou řadu desek, později CD s dechovým repertoárem od baroka po současnost, včetně mnoha premiér ze soudobé české tvorby. Diskografie souboru zahrnuje kompletní dílo pro dechové nástroje Ludwiga van Beethovena, serenády a divertimenta Wolfganga Amadea Mozarta, skladby Leoše Janáčka, Františka Vincence Kramáře-Krommera, Antonína Dvořáka, Karla Janečka, Ivo Jiráska, Jiřího Pauera, Jaroslava Rybáře a dalších. Za nahrávku Mozartových serenád a divertiment obdržel soubor v roce 1972 cenu „Wiener Flötenuhr“. Ansámbl byl také koncertně činný, a to v Rudolfinu i mimo něj. Vystupoval pravidelně na mezinárodním hudebním festivalu Pražské jaro, ale i na festivalech v Salcburku a v Lucernu.
Na tuto tradici navazuje obnovený soubor stejného jména, jehož členové jsou také výhradně hráči České filharmonie. Vznikl v sezoně 2018/2019 v rámci projektu Komorního orchestru České filharmonie jako jeho čistě dechová varianta.