Marie Fajtová vystudovala na Pražské konzervatoři hru na klavír a poté operní zpěv (Jiří Kotouč); v současnosti se zdokonaluje rovněž u americké sopranistky Nancy Henninger. V roce 2004 se stala finalistkou Mezinárodní pěvecké soutěže Antonína Dvořáka, kde obdržela cenu Symfonického orchestru hl. m. Prahy FOK, o čtyři roky později pak získala hlavní cenu v Mezinárodní pěvecké soutěži Barbary Hendricks ve Štrasburku.
V sezoně 2005/2006 byla členkou Divadla J. K. Tyla v Plzni, následující sezonu se stala sólistkou Opery Národního divadla v Praze, kde do svého repertoáru přibrala velké role od Händela po Brittena. Kromě občasného hostování na dalších českých scénách, jako jsou Státní opera Praha nebo Národní divadlo Brno, se představila i v zahraničí: s Händelem a Pergolesim ve Francii, s Mozartem v Japonsku, s Verdim v Německu či s Gounodem ve Finsku.
Významnou součást jejího uměleckého působení tvoří barokní hudba, především ve spolupráci se soubory Capella Regia Praha, Collegium Marianum, Collegium 1704 a Camerata Nova. V roce 2006 ztvárnila titulní roli v Händelově Alcině pro festival ve Valticích a na Mezinárodním hudebním festivalu Český Krumlov zpívala Serpinu v La serva padrona. Na Pražském jaru se v roce 2004 představila v barokním pasticciu Praga nascente da Libussa e Primislao, o deset let později pak na stejném festivalu spolu s Wihanovým kvartetem přednesla skladbu La jolie rousse Jana Klusáka.
Koncertně vystupuje mj. s Českou filharmonií, PKF — Prague Philharmonia, Pražským komorním orchestrem či Symfonickým orchestrem hl. m. Prahy FOK. Koncertovala v mnoha evropských zemích, v Japonsku, Vietnamu, Tchaj-wanu, Bruneji, Koreji, Malajsii, Thajsku i v africké Ceutě.
V roce 2009 vydala firma Arco Diva její písňové album Pensive Songs s díly Klementa Slavického, Antonína Dvořáka, Bohuslava Martinů a Richarda Strausse. Podílela se též na mezinárodně oceněné nahrávce Serenaty, ZWV 177, „Il diamante“ Jana Dismase Zelenky.