Rok 1788 byl pro dvaatřicetiletého Wolfganga Amadea Mozarta plný ztrát a zklamání. Po návratu z Prahy sice získal vytoužené místo u císařského dvora, nestal se však dvorním skladatelem, ale jen garantem komorní hudby, s méně než polovičním platem. Místo dvorního skladatele zůstalo až do Mozartovy smrti ve Vídni neobsazeno. Jeho pražskou operu Don Giovanni Vídeň přijala vlažně a ani o jeho další skladby nebyl zájem, což přineslo finanční potíže. Mozart proto během léta složil hned tři velké symfonie, které se nakonec staly jeho posledními: Es dur, K 543, g moll, K 550, a C dur, K 551. O důvodu jejich vzniku se spekuluje – možná měl Mozart v úmyslu je vydat tiskem u nakladatelství Artaria, kde krátce před tím vyšly Haydnovy Pařížské symfonie, snad vkládal naději do uvažované cesty do Londýna, kde by se těmito symfoniemi mohl dobře uvést. Jisté je, že všechny tři byly brzy po Mozartově smrti přijaty velmi kladně a staly se pro dobovou kritiku fenoménem symfonické hudby.
Symfonii g moll udělil Mozart při dokončení 25. července 1788 číslo 40 a následně v Köchelově chronologickém seznamu obdržela číslo 550. Je velice originální ve svém náboji a nekonvenčnosti, odrážející se mimo jiné i ve volbě tóniny – v rámci dobové estetiky odpovídal tónině i charakter skladby. Mozart napsal jen dvě mollové symfonie (obě v g moll, proto tato bývá označována jako „Velká“) a pak už jen dva mollové klavírní koncerty. Zároveň se v symfonii odrážejí prvky hnutí známého jako Sturm und Drang (Bouře a vzdor), které vyzdvihovalo silné emoce. Má i instrumentální odlišnosti – nejsou zde předepsané jinak běžné trubky a tympány a pak také Mozart do její definitivní verze připsal dva stále ne běžné party klarinetů.
Úvodní věta nezačíná tradičně v plné harmonii, ale pouhým tichým doprovodem hlubších smyčců, které čekají na vzdychavou až naříkavou melodii houslí a vytvářejí jí po celou větu nenápadný doprovodný podkres. Druhé téma je kontrastně durové a chromatické, rozdělené mezi smyčce a dechy. V repríze je pak uvedeno v moll. Symfonie překvapuje i ve svém dalším vývoji. Na pozadí zdánlivě monotónního začátku druhé věty se začne odehrávat jemná a napínavá hra akcentů a melodických kontrastů, v níž hrají důležitou roli zvukové barvy dechových nástrojů. Obvykle lehký, světlý menuet je zatěžkaný, pouze trio přináší krátkou úlevu. Chromatické je i finále, jehož hlavní téma vychází z rozloženého akordu smyčců. Jen málo děl klasicismu ukazuje tak jako Symfonie g moll přímou cestu směrem k romantismu 19. století.
O dva týdny později, 10. srpna 1788, si Mozart poznamenal do vlastnoručního seznamu skladeb: „Symfonie. 2 housle, 1 flétna, 2 hoboje, 2 fagoty, 2 horny, 2 trubky, tympány, violy a basy.“ Jeho úplně poslední symfonické dílo tvoří kontrast k rozervané a zádumčivé Symfonii g moll – je náladově projasněné a tenduje k monumentalitě. Díky mohutné čtvrté větě se mu začalo říkat „symfonie se závěrečnou fugou“. Allgemeine Musikalische Zeitung z roku 1808 uvádí, že dílo v Lipsku je nyní „mezi místními milovníky umění natolik oblíbené, že jim ji nelze upřít ani jeden rok.“ Zvláštní úctě se Symfonie C dur č. 41, K 551, těšila i v Londýně, kde bylo vydání její partitury v roce 1810 provázeno heslem „nejvyšší triumf instrumentální kompozice“. Dalším a trvalým přízviskem je „Jupiter“. Poprvé se objevilo v programu hudebního festivalu v Edinburgu v říjnu 1819 a poté v Londýně na koncertě Královské filharmonie i v recenzi na něj. Nejpravděpodobněji ho k symfonii připojil londýnský houslista a hudební podnikatel Johann Peter Salomon, aby připodobněním k nejvyššímu římskému bohovi vyzdvihl kvality skladby. A název už jí zůstal.
Hlavní téma první věty obsahuje dva vzájemně kontrastní motivy: energický ve forte celého orchestru a melodičtější v pianu smyčců. Druhé téma přinášejí housle a viola a po forte celého orchestru následuje téma třetí. Začátek druhé věty je prostoupen vnitřním klidem a jasem – a přesto z celé symfonie pouze v této větě nalezneme náznak stínu tak typického pro Symfonii g moll. Objevuje se v druhém tématu, jehož znakem jsou tónina c moll a znepokojivý rytmus houslí. Housle mají v celé větě předepsána dusítka, která změkčují jejich zvuk. Jemný menuet rámuje trio, postavené na kontrastu hravého úvodu s energickým středním dílem. Čtvrtá věta patří k nejpozoruhodnějším z Mozartovy hudby vůbec – je to pravděpodobně poprvé v historii symfonie, kdy má poslední věta stejnou, nebo snad větší závažnost než věta první. Navíc zde skladatel předvádí neuvěřitelnou syntézu starého s novým, spojení fugy se sonátovou formou, „učené“ polyfonie s „galantní“ homofonií, baroka s klasicismem. Hned na začátku hrají druhé housle hlavní téma, které je dále zpracováno jako fuga – přebírají ho postupně první housle, violy a violoncella. Mozart však uvádí celkem čtyři témata a vzájemně je kombinuje! A navíc všechno kontrapunktické mistrovství se odehrává na přehledném základu sonátové formy. Ne nadarmo je Symfonie Jupiter považována za vrchol symfonické tvorby 18. století.